Medeltidsforskningen vid Historiska institutionen intar en stark ställning genom den professur i medeltidshistoria som innehas av professor Olle Ferm. Till denna tjänst är knutet det tvärvetenskapliga Centrum för medeltidsstudier vid Stockholms universitet, ett gemensamt organ för medeltidsforskare vid universitetet och lärda verk i stockholmsområdet. Inom detta tvärvetenskapliga samarbete sker betydande forskning inom skilda områden.